未来，由于不明原因的海平面上升，许多土地被海水淹没。斑鸠夏生因幼时的意外失去了一条腿，对都市生活感到厌倦，于是搬到海滨乡村小镇。孤寡的他只有祖母留下的船、潜水艇和债务。

为了寻找“失去的未来”，夏生决定探索海底，目标是沉睡着祖母遗产的海底仓库。

在海底，夏生发现了一个像棺材一样的装置，里面沉睡着一个令人难以置信的少女——亚托莉。她是一个外形精致、情感丰富的机器人，几乎让人能误以为是人类。

从海底被打捞出来的亚托莉如此说到。

“我想完成主人留下的最后命令。在那之前，我会成为夏生先生的腿（助力）!”

在这个逐渐被海水淹没的平静小镇，少年和机器人少女的难忘夏日就这样开始了……