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2002年，数码世界面临灭亡的Σ机！数码世界本是由究极天使兽、基·比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基·比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃……古代曾经拯救数码世界的十斗士现在已不存在。就在这Σ急关头，十斗士的斗士之魂把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子……主角拓也等人，将进入数码世界，变身成数码兽，投入这场冒险与战斗的旅程！