《苍蓝钢铁战舰-ARS NOVA- DC》总共将分成两部播映，即将上映的第一部内容将取自电视动画内容加上部份新场面，第二部则为原创新故事。剧情主要叙述2039年时，人类因为暖化所造成的海面上升，而失去大部份陆地，此时，谜之军舰群「海雾舰队」开始出现在世界各地海洋中以超兵器袭击人类船舰，并在最终决战「大海战」中击败人类夺取海权.......自此多年之后，在名为「千早群像」的士官候补生面前，突然出现了叛离「海雾舰队」的潜水艇「伊401」及其心智模型「伊欧娜」，两人联手接受突破海洋封锁、运送人类反击希望的委托。