《Free!男子游泳部第二季》主要讲述了经历了上一次的比赛后，进一步加深感情的遥、真琴、诸、怜在不变的日常生活中，都显示出了各自不断成长的姿态。另一方面，凛战胜过去的自己向自己的梦想前进，并且与新的伙伴一同以最棒的队伍作为目标而努力著。他们各自带著隐藏在内心的想法迎接崭新的夏天……