《苍穹之法芙娜EXODUS》作为《苍穹之法芙娜》系列的续篇，故事设定在西历2151年，即剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后。前作的主角真壁一骑、皆城总士、远见真矢也将会继续在续篇中登场，并且还诞生了第二代乙姬，她的名字是皆城织姬。

　　HEAVEN AND EARTH2年半后，西历2151年―
　　交战规定阿尔法，是人类禁忌的指令。
　　二代目乙姫，其名为皆城织姫，新的篇章拉开帷幕……