在日本战后被分割统治的另一个世界里，1996年夏，位于联合国统治下的北海道的神秘巨塔工程悄然开始了。而在美国占领的本州，这个塔真正建设目的却无人知晓。 　　

那塔是一座隔着轻津海峡也可以清楚看到的庞然大物。两个15岁的少年：藤泽浩纪和白川拓也，对它有着不知道是敬畏还是憧憬的奇妙感情。他们利用军需废品，在山上的废弃小站里组装了一架名为ヴェラシーラ的小飞机。两个男孩同时喜欢着班上的泽渡佐由理。无论是佐由理还是“塔”，对他们而言都是一种象征，现在无法触即，将来一定会接近的事物。 　　

但是，佐由理在中学三年级时，突然得了原因不明的记忆障碍症，转学去了东京。在无可名状的虚脱感中，两个少年渐渐停止了对飞机的制造，走上了不同的道路。 　　

在2001年的东京，已经是大学生的浩纪和拓也再次相会。得知佐由理依然身陷病中，常年沉睡。二人想要把她解救出来。在这个过程中，他们不知不觉的接近了“塔”和这个世界的本质，以及佐由理隐藏的秘密。他们三个人，还能不能回到那约定的地方呢……