21世纪初，由於人类科技的进步导致的世界大战，还有因其造成的环境的污染，让人类开始航向宇宙中展开新的生活，并开启了「星历00年」的世代。而根据统治者「超银河联合」的法令，演艺圈与歌曲等会混乱人心的东西都是被禁止的，甚至也进行了严格的取缔和惩罚，为此偶像们的身影也就逐渐消失在大家的眼前，人类的心灵也被逐渐黑暗笼罩……。　　而就在「偶像」这种存在几乎要灭绝的时候，名为「AKB0048」的偶像团体复活/诞生了。那是过去在地球面临存亡之战时，点亮人心、并歌唱、舞动至最后一刻的偶像团体「AKB48」的后继者。AKB0048继承了他们的灵魂，以非法偶像的名号登场！　　既然是非法，所以当然也无法举办公开的演唱会……，但是在这演艺行为被禁止的时代，更顾不得危险，她们强行前往粉丝们的所在、并为大家展开了表演。这个时代的「AKB」已经从「想看就可以去看的偶像」进化成为「会前来表演给你看的偶像」！在这个黑暗的世界中，她们将以「奇迹的演唱会」为失去梦想的人们带来充满希望的未来。　　但是，压倒性的影响力也袭向这些女孩们，无视於联合政府进行活动的她们，理所当然就被认定为是恐怖份子，为了保护自己的舞台还有粉丝和大家的希望，她们将拿起武器战斗。「只要还有粉丝在的一天，就算受伤倒下我们也会继续战斗，我们将不会停止唱歌！」　　而时间来到了星历0048年，在这个命运般的一年，展开了第77届的研究生的故事，在这些女孩中能够成为新的希望之星，站上舞台的是谁？全新的偶像故事就要从这里开始！