美丽的国家“大日本”。列强诸国因羡慕其美想占为己有而几度侵略这里。每每在这时站起的是大日本守护神“武士”！「百花缭乱」，那是美丽的武士们以高贵的灵魂编制而成的故事。时值平诚二十某年，长期统治大日本的德川幕府在灵峰富士山建立的“武应学院”中，集合来的武家子女为了背负大日本的次世代每日勤奋于学习与武术。出现在柳生道场代理教练柳生宗朗面前的这所学校的高中少女们。赤裸着从天而降的少女柳生十兵卫。与学生会敌对的丰臣派的真田幸村和后藤又兵卫。学生会长德川庆彦的亲妹妹、宗朗的青梅竹马千姫，与服侍她的学生会风纪委员且是长眼镜娘的服部半蔵。这些武将少女们相继出现在宗明身边。与她们的相遇是偶然？还是必然的！？幸村预知的“覆盖大日本的黑色影子”，同时学生一个接一个失踪的“神隐”，从天而降的少女“柳生十兵卫”之谜。作为学园顶点拥有绝对权力的学生会长德川庆彦的思虑。还有用绝对性的实力拯救了悄然访问大日本的危机的剑姬是？宗朗与少女们的邂逅将震摇大日本的历史并开始出现新的动乱！！现在在此武士们的战斗就要开始了！！