近未来都市HEARTLAND，在这里不管是大人还是小孩都热衷于AR决斗。游戏王ZEXALAR决斗是使用D视器和D面板，让怪兽仿佛是真的从地面、天空、建筑物中出现的超大魄力决斗！ 　　在这个城市生活的主角九十九游马也非常喜欢决斗，但他只是一个初学者市里的连战连败冠军。 　　以某个事件为契机，和学校最强不良少年凌牙决斗对决的游马。这场决斗大大的改变了游马的命运…！激烈的战斗中，一直出现在游马梦中的诡异的大门突然出现。紧闭着的大门打开的瞬间，无数的光芒四溢，抬头看看自己的身边… 来自异世界的神秘生命体星光体就站在那！为了取回分裂成99张NUMBERS卡的星光体的记忆，两个人开始一起行动。星光体出现的真正的目的是？新怪兽“NUMBERS怪兽”的存在到底是？接连出现在游马面前的强力的宿敌，徐徐解明的星光体的谜团。 游马和星光体搭档的全新决斗传说，现在开幕！ 　　故事舞台在近未来。由于意想不到的事而被学校头号不良少年·神代挑战决斗的九十九游马面前，出现了神秘生命体·星光体…！？新的传说揭开序幕！！