江户时代末期（本作的20年前）, 被称为“天人（あまんと）”的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗，幕府见识到天人强大 的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令”，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天 人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。在这样的时代，有一个武士与同伴愉快地过著异想天开的生活。
由来
也有人称万事屋银魂的诞生源于作者和编辑的一次激烈争执，编辑希望空知英秋搭上时下热门题材“幕末新撰组”的顺风车，但空知英秋却一心想画幻想漫画，在争执不下的情况下，空知英秋终于爆发了，大喊：“那就他妈的让新撰组和外星人对打吧！”
——于是《银魂》就诞生了。
其实题目本身也是空知英秋的一个恶搞，“银魂（gintama）”与“金玉（kintama）”只有一个k和g的区别。
