故事讲述的是就读凤城学园的15岁少女泉水子,自少便在熊野古道的玉仓神社之中长大。
泉水子是名颇害羞的少女,而且所有给她触碰到的电子产品也必定损坏。
当她想到想离开这熊野古道并往城巿里居住的时候,她的监护人雪政却建议她往东京的鳯城学园就读,并逼他的儿子深行与泉水子同行,以便照顾她。起初,泉水子 与深行也互相讨厌大家,但当一件怪异的事件发生在今年以“战国时代”为主题的学园祭上,他们的关系便产生变化。
在这事件中,泉水子得知她是姬神的最后一名 依代,而深行则是泉水子的山伏守护者。作为姬神的最后一名依代,作为濒临灭绝的姬神依代,泉水子与深行将展开改变世界的事件。
《RDG濒危物种少女(RDG レッドデータガール)》是由被称为勾玉三部作(《破天神记》三部曲的《空色勾玉》、《白鸟异传》以及《薄红天女》)的日本小说家荻原规子原作、酒井驹子负责插画、角川银匙系列和角川文库刊载、以日本神道为主题的系列小说。
2011年12月,在角川文库的宣传网页上宣布“动画化计划进行中”的消息。
在2012年10月26日发售的漫画杂志《月刊少年ACE》上,由负责动画角色原案的岸田メル负责负责角色原案、琴音らんまる负责作画的漫画版开始连载。